소 알로이시오 신부(1930.9.18~1992.3.16)에 의해 1964년 부산에서 창설된 수녀회로, 6?25 전쟁으로 폐허가 된 한국에서 부모를 잃고 떠도는 수많은 어린이들과 가난한 사람들에게 그리스도의 사랑을 실천하기 위한 봉사의 목적으로 설립되었다.
처음에는 부모 잃은 아이들의 업마가 되어 줄 보모회로 출발했다가 더 알찬 봉사를 위해 1964년 8월 15일 수녀회로 전향했다. 이후 무료 진료소와 무료 교육기관인 아미고등공민학교를 세우고, 부산시로부터 행려환자 구호소를 인수받아 가난한 사람들을 위한 본격적인 자선사업을 펼쳤다.
1970년에는 국내 최초로 자체 교육 기관을 가진 ‘소년의집’을 세워 가난한 아이들에게 의식주는 물론 고등 교육의 기회까지 제공했다. 소년의집 사업은 1975년 서울로 확대되어 수많은 아이들이 의식주와 교육, 의료의 혜택 속에서 청소년기를 무사히 마치고 사회로 진출할 수 있었다.
1983년 8월, 창설자 소 알로이시오 신부는 막사이사이상을 받았고, 이를 계기로 당시 마닐라 교구장이었던 하이메 신 추기경의 적극적인 초대로 마리아수녀회는 필리핀으로 진출했다. 그리하여 마닐라와 세부, 카비테에 자체 교육기관과 병원을 가진 소년·소녀의집을 세워 가난한 아이들에게 의식주와 의료, 교육의 기회를 제공했다. 이후 1991년 멕시코를 시작으로 과테말라, 브라질, 온두라스로 진출해 가난한 청소년들에게 무료로 의식주와 교육, 의료를 제공했다. 2014년 현재 마리아수녀회의 도움으로 의식주와 의료, 교육의 혜택을 받고 있는 6개국의 청소년들은 모두 2만 명이 넘고, 1964년 이후 지금까지 소년의집을 거쳐 무사히 사회에 진출한 청소년들은 백만 명이 넘는다.
마리아수녀회는 1993년 3월 2일 마닐라 대교구 관할 수녀회로 인가 받았으며, 2000년 3월 2일에는 교황청 직속 수녀회로 인가 받았다.